就新冠病毒的起源而言，近期一项基因组研究给出了和先前认知不一样的观点，这项研究借助对全球众多病毒序列加以剖析，表明病毒最初的人际传播搞不好并不是在武汉发生的，而且时间线还往前推了几个月。
研究方法与数据基础
这个研究团队，收集了在2019年12月到2020年7月期间，从人类宿主那儿获取的4571个SARS-CoV-2基因组序列。他们把这些序列，归为了2449个不一样的病毒株或者病毒子集。其中，最大的那一个病毒子集，包含了318条序列，而最小的子集，仅仅只有一条。
需加以留意的是，处于同一个子集当中的，完全一模一样的病毒序列，常常是从不一样的日期，以及不同的国家和地区那里收集而来的。这一发现直接表明了，SARS-CoV-2病毒在传播进程里，具备较低的突变率，致使它能够在较长时间，以及较远的距离进行传播，并且维持基因组相对稳定。
最少突变株并非来自武汉
按照生物进化的简约准则，突变数量处于最少状况的毒株具备最大可能性靠近所有病毒谱系的公共祖先这种能够被视作系统发育之“根”存在。可是，分析表明，在武汉最先被鉴定且公布的NC_045512毒株并不是突变数量最少的毒株。
于研究所涉及的数据集合当中，存在41个毒株，其相比武汉参考毒株，具备更少的全局点突变。这些拥有最少突变的毒株，被发觉分布在四大洲的八个各异国家。这表明，武汉最先鉴定出的病毒株，不太有可能是其他全部病毒谱系的直接祖先。
阳性选择位点的揭示
病毒在传播以及适应新宿主的进程里，会历经“阳性选择”这一情况，也就是说某些突变会被留存下来，原因在于它们或许赋予了传播方面的优势。研究人员于SARS-CoV-2的五个基因当中识别出了八个这样的阳性选择位点。
非常关键的一点是，那42个较少发生突变的早期毒株里，出现了四个阳性选择位点。这些位点能够被视作病毒在人类宿主中处于早期传播阶段的标志。进一步的分析表明，不同地区毒株所携带的阳性选择位点呈现出地理聚集性，比如说跟美国相关的毒株以及与欧洲相关的毒株，都各有其独特之处。
病毒株多样性的地理线索
有的时候，单纯的系统发育分析不太容易准确地锁定起源地，常常会采用这样一个推论：一般来说，病毒那起源的地方往往有着更高的病毒株遗传多样性，针对不同国家以及地区的毒株多样性，研究人员展开了统计分析。
后续发觉，印度次大陆这块区域，尤其是其中的印度以及孟加拉国方面，其所拥有的病毒株多样性比率，要远远高于其序列数量在全球数据里面所占的比重，这可是高多样性的清晰标识。与之形成对照比拟，美国的序列数量占比相当高，然而毒株多样性却是比较低的。
对起源时间与地点的推断
凭借综合最少突变毒株的地理分布，以及具有最高的毒株多样性这两条关键证据，研究人员提出了一个推论，那就是SARS-CoV-2在人与人之间最早开始传播的情况，有可能发生于印度次大陆，而这一推测在遗传学方面是具备其合理性的。
依据估算得出的，病毒每年于编码区积累大约11.41个点突变的速率，研究方面的人员，进行了反向推算，从而得出病毒开始人际传播的时间。计算之后所呈现的结果表明，这一最早的时间点能够追溯至2019年的7月，或者8月，而此时间比武汉首次报告病例的时间早了数月。
研究的启示与意义
此项研究具备的意义是，其借助大规模的基因组数据分析，为领会新冠病毒的早期隐秘传播以及进化给予了新的视角。这体现出，最早检测到病毒的所在之处，并非等同于病毒人际传播的起始之地。
这个结论，对打破疫情起源问题里那单一的地理指向是有帮助的，它还强调了在全球范畴以内去追踪病毒早期进化轨迹的重要意义了。而这，对于往后应对相似的大流行病，于全球范围内开展更具成效的监测以及管理，给出了重要的科学思路。
关于病毒早期传播的新观点，是基于基因组数据而提出的，对于这项新观点，你觉得它究竟能在何种程度上，助力我们以更客观的状态去回顾以及反思新冠大流行的初期阶段呢？欢迎分享你的看法。
